A história se passa em um mundo parecido com o nosso onde digimons são popularmente conhecidos através de jogos de cartas, videogames e série de tv. Os Digimons, Digital Monsters, são programas primitivos de computadores, antigos modelos de inteligência artificial que foram esquecidos dentro da rede e foram evoluindo com os dados soltos dentro da internet. Eles, por extinto selvagem, lutam uns contra os outros e absorvem os dados do oponente para evoluir (digivolver) sua forma. As antigas formas de inteligência artificial são o resultado de um projeto iniciado nos anos 80 por um grupo de estudantes logo depois fechado por falta de condições financeiras. Desde então, esses dados esquecidos tem crescido dentro da rede junto das informações jogadas na internet que ganhou força nos anos 90 formando os Digimons.No fim dos anos 90, esses digimons dentro da rede começaram a ultrapassar a barreira dos dois mundos aparecendo no mundo real através da materialização orgânica de seus dados e assim começando os primeiros ataques de digimons no mundo real. Para cuidar desses casos, foi criada uma organização governamental chamada Hypnos, responsável por monitorar a movimentação dos digimons (chamados por eles de selvagens ou Wild One) dentro da rede para o mundo real. A história se passa no oeste de Shinjuku, em Tóquio. O personagem principal é Takato Matsuda, um garoto de 10 anos que tem uma vida normal e é fanático por jogo de cartas de digimon. Tudo começa quando ele encontra em meio a suas cartas de digimon, um misterioso cartão azul que se transforma no seu digivice D-Ark, um aparelho arredondado com um leitor de cartas ao lado. Quando Takato passa no leitor desse digivice o desenho do digimon que ele criou, nasce Guilmon, um digimon feito das informações do desenho de Takato. Até então, Takato nunca imaginou que digimons poderiam existir, é como se ele estivesse vivendo uma fantasia.Ele nem imagina que existem outros digimons vivendo nesse mundo até conhece Jenrya Lee e Ruki Makino. Ruki é uma menina fria e orgulhosa que possui um digimon chamado Renamon. Ela acredita que digimons são ferramentas de batalhas e que as lutas são sua essência. Jenrya Lee é um garoto de 10 anos bastante maduro para a sua idade, seu digimon parceiro é o Terriermon. Ele acredita que digimons não têm a necessidade de lutar como criaturas selvagens no mundo real da mesma forma que acontece no mundo digital. Ele acredita que digimons podem ser amigos dos humanos, ou seja, exatamente o oposto da Ruki. No início há muitos desentendimentos entre eles, mas digimons começam a aparecer no mundo real para atacar os humanos, então para evitar os ataques desses digimons selvagens, eles deverão passar por cima de suas diferenças e lutar ao lado dos digimons para protegerem sua cidade. Logo, eles descobrem que tudo isso é mais complicado do que parece e que isso é um jogo perigoso que envolve até mesmo organizações poderosas do governo como o Hypnos.